Inaugurado em 25 de julho de 1911, o prédio onde hoje está localizado o Museu Histórico Regional abrigou a primeira sede da Intendência Municipal, formato de governo da época, semelhante a uma prefeitura. Em 1977, por decreto municipal, foi instituído ali o Museu Histórico-Cultural, que funcionou até 1990, quando suas atividades foram suspensas; em 1996, por convênio entre Prefeitura e Universidade de Passo Fundo (UPF), o espaço foi reaberto como Museu Histórico Regional e chegou a dividir o prédio com o Museu de Artes Visuais Ruth Schneider.
O edifício foi tombado como patrimônio histórico-municipal em 1990 e, em 2003, passou a integrar o Complexo Cultural Roseli Doleski Pretto. Atualmente, o museu está fechado para visitação desde 2020 por problemas estruturais, com revitalização da fachada concluída em dezembro de 2024 e obras internas em andamento.